Quả thật nhìn nhận một cách khách quan thì Em và Trịnh có nhiều điểm trừ hơn điểm cộng. Dễ thấy và rõ ràng nhất chính là cốt truyện của phim quá yếu và thiếu liên kết. Người xem bị cuốn theo những dòng sự kiện của Trịnh Công Sơn mà không thực sự thấy sự thú vị ở những biến cố đó. Câu chuyện tình yêu trong phim trở nên rất nhạt nhòa và người xem không biết được thực sự tình cảm của Trịnh với Dao Ánh và các nàng thơ khác thực sự như thế nào. Tổng thể phim như một album dài 130 phút với nhiều MV chấp nối với nhau một cách thiếu chuyên nghiệp và ít cảm xúc.

Em và Trịnh học cách kể chuyện theo hướng phi tuyến, đan xen giữa hiện tại và quá khứ nhưng cách triển khai thực hiện còn rất non tay nên khiến mạch phim thêm phần lộn xộn, rối rắm và khó hiểu đối với người xem. Phim lồng ghép những phân cảnh phim tài liệu để minh họa cho bối cảnh lịch sử đương thời nhưng tần suất lặp đi lặp lại quá nhiều, vô hình chung khiến phim trở nên nhàm chán, tréo ngoe và thiếu sức hút.

Điều mà Kat tiếc nhất chính là nam chính ở cả độ tuổi trẻ và già đều không có được sự tự nhiên, chân thật và thần thái của Trịnh Công Sơn. Cảm giác xem Alvin Lu và Trần Lực diễn đều bị gượng ép quá mức, cộng thêm cách xây dựng nhân vật lỏng lẻo khiến người xem thiếu niềm tin và sự đồng cảm với Trịnh. Chuyện tình yêu của Trịnh và các nàng thơ là tâm điểm của bộ phim nhưng sự tương tác giữa các diễn viên lại không thể thuyết phục khán giả tin vào tình cảm mà họ dành cho nhau.

Một điểm gây khó chịu khác của Em và Trịnh chính là sự gượng ép trong cách phát âm giọng Huế. Nếu là người miền Trung nói chung và người Huế nói riêng, chắc hẳn bạn sẽ không cảm nhận được cái chất Huế trong cách đài thoại của các diễn viên, đặc biệt về tốc độ và những từ địa phương chuyên dụng. Thông điệp về hòa bình, tình yêu, tình bạn và cuộc đời nhạc sĩ, ca sĩ được nêu lên một cách mờ nhạt, qua loa nên hành trang mà khán giả mang về sau khi xem xong phim chỉ là con số 0 tròn trĩnh mà thôi.